温州医学院是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。现有临床医学一级学科博士点； 8 个一级学科硕士点；有7 个专业硕士学位授权点，设有临床医学一级学科博士后科研流动站。现有1 个省部共建国家重点实验室培育基地、10 个省部级重点实验室（研究中心），1 个省“重中之重一级学科”、2 个省重中之重学科和10 个省重点学科。一批优秀教师入选国家“千人计划”、“长江学者奖励计划”、国家“百千万人才工程”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、浙江省特级专家、省“百人计划”、省高校特聘教授、省“151 人才工程”、省有突出贡献的中青年科技人员、省高校中青年学科带头人。近年来，学校承担省部级以上科研项目900 余项，其中国家级科研项目370 多项，科研成果获得省部级以上奖励50 项，其中获国家科技进步奖二等奖4 项（其中3 项排名第一，1 项排名第二）国家技术发明奖二等奖1 项、中华医学科技奖一等奖3 项、中国药学会科技奖一等奖1 项、浙江省科学技术奖一等奖6 项。学校的发展定位是：以本科教育为主，积极发展研究生教育；以医学学科为重点，多学科协调发展；服务浙江，面向全国；办学特色鲜明，在国内外有一定影响的高水平教学研究型大学。
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